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Originario del Distrito Federal, José Luis Marroquín Zaleta estudió Ingeniería Química en la Facultad de Química de la UNAM (1968), obtuvo su Maestría en Ciencias en 1976 y su Doctorado en 1985 en el Massachusetts Institute of Technology (MIT). Es Miembro del Sistema Nacional de Investigadores (SNI Nivel 3), así como de las Academias Mexicanas de Ciencias y de Optica; y de la Sociedad Matemática Mexicana; fue presidente Actuante de la Sociedad Mexicana de Ciencia de la Computación en 1996 y Vicepresidente en 1997.

En 1972 fue distinguido con el Premio Nacional de Ciencia y Tecnología Banamex.

Actualmente es investigador titular y coordinador del área de Ciencias de la Computación del Centro de Investigación en Matemáticas A.C. (CIMAT), donde se ha desarrollado CALIMAN, la Calculadora de Imágenes.